تعد ظاهرة تلوث مجاري الانهار في العراق من المشاكل الخطرة التي تسبب مخاطر على الصحة العامة للسكان اولاً وخطر كبيراً يهدد الثروة السمكية ثانيا ، اذ تعاني مجاري الانهار الرئيسية والجداول والانهار الثانوية من هذا الخطر المحدق والكبير الذي لم توليه الجهات ذات العلاقة أهمية حقيقية ، فهناك العديد من المدن التي تقع على مجاري هذه الانهار مازالت تصاريف مياه الصرف الصحي تلقى فيها دون اي اعتبارات تذكر ، مسببة تلوثاً كبيراً لهذه المجاري التي تعتمد عليها مدن اخرى في الاستخدامات البشرية المختلفة وخصوصا للشرب ، وبالتالي اصبحت هذه المياه مصدر اً لأمراض متعددة وخطرة في السنوات الاخيرة ، ومع انخفاض مناسيب المياه وقلة تصاريفها خلال هذه الفترة وما وصلت اليه بعض الانهار من حالة الجفاف التام ، الامر الذي القى بظلاله على حياه السكان وانشطتهم الزراعية وسبب هلاك للثروة السمكية في هذه الانهار والاهوار التي تتغذى عليها ومنها هور ابن نجم وشط المشخاب في محافظة النجف وغيرها من الانهار الفرعية المنبثقة من نهر الفرات ودجله ، اضافه الى ما تتعرض له هذه الانهار سيما في محافظات الوسط والجنوب من ارتفاع نسبة الاملاح والملوثات بأنواعها نتيجة هذا الانخفاض الكبير في التصاريف الذي يتزامن مع فصل الصيف الجاف الحار الذي تصل فيه درجات الحرارة الى اكثر من 50 مْ ، وما يعرف بظاهرة الجفاف المناخي التي اثرت سلباً على مجاري الانهار وفاقمت من خطر الثلوث الذي له ابعاد صحية خطيرة على السكان ، الامر الذي ينذر بخطر كبير جداً.
لقد ادى تلوث مياه الانهار والجداول في العراق سيما في السنوات الاخيرة الى مشاكل بيئية كبيرة سببت خطرا على الصحة العامة للسكان منها انتشار بعض الامراض المزمنة ومنها الحساسية بمختلف انواعها وامراض الامعاء والكلى، بسبب ما تحتويه مياه الصرف الصحي والمياه الملوثة الاخرى على العديد من المواد الكيمياوية والبكتريا الضارة والمؤثرة على صحة الانسان.
